La Guerra Civil es casi un género del cine español en el que, sin embargo, la Masonería es una gran ausente a pesar de su papel protagónico en el relato del Franquismo. Por primera vez, un largometraje centrado en este periodo histórico aborda la persecución de la Masonería que se desató en el bando nacional, donde la iniciación a nuestros misterios era motivo suficiente para ser paseado hasta la muerte sin ningún tipo de juicio previo de 1936 a 1938. ‘Mientras Dure la Guerra’ es un canto al librepensamiento de Miguel de Unamuno, que arranca en la Salamanca de 1936. El célebre escritor pasa de apoyar públicamente la rebelión militar que prometía traer orden a cuestionarse su postura ante la deriva sangrienta del conflicto, que le lleva a pronunciar su célebre discurso del Día de la Raza: «Venceréis, pero no convenceréis».
Uno de los ejes de la película es la amistad de Unamuno con nuestro Querido Hermano Atilano Coco, maestro masón y pastor anglicano, hombre de paz, bondadoso, cristiano y librepensador con el que el literato charlaba a diario en largos paseos o en animada tertulia en el café. Inexplicablemente, Atilano es detenido en los primeros días de la contienda. Cuando el escritor es informado de que se retiene al pastor por su condición masónica, se produce uno de los diálogos más sombríos para un masón que acuda a ver la película. Unamuno le explica a sus hijas la teoría del contubernio -los judíos sin patria desean destruir todas las patrias del mundo utilizando a la Masonería y el comunismo- y añade, incapaz de aventurar que la masofobia sería el gran eje del relato del régimen que estaba naciendo: «¿Quién puede creer cosa semejante?».
Cuando Franco traslada su cuartel a Salamanca y es nombrado jefe del Estado de la zona nacional, Unamuno acudirá a su Palacio, decidido a hacerle una petición de clemencia para Atilano Coco. «Ya me he informado sobre ese sujeto. Protestante y masón, un mal español», le contesta Franco. Precisamente, el ascenso de Franco al poder es otra de las tramas de la película en la que Amenábar se recrea en el papel que jugó otro maestro masón, el general Cabanellas, que presidía la Junta Militar de los sublevados, por ser el general más antiguo. En la cinta, Cabanellas reprocha el cambio de bandera y se resiste a firmar el acuerdo que concede a Franco el mando único del que ha sido suprimida la expresión «mientras dure la guerra» que da título a la película.